Un laboratorio de la Universidad Nacional de La Plata creó y puso a disposición de toda la comunidad científica una serie de aplicaciones bioinformáticas y quimioinformárticas de código abierto, a las que se puede acceder desde cualquier rincón del planeta en forma libre, sin pago de licencias ni membresías.
La novedosa propuesta surgió en el Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos (LIDeB) de la Facultad de Ciencias Exactas, donde un equipo de científicos ideó y puso en funcionamiento “LIDeB tools”, una iniciativa de acceso abierto que pone el conocimiento generado en la UNLP al alcance de un solo click. En el sitio oficial https://lideb.biol.unlp.edu.ar/ ya están disponibles las aplicaciones web de código abierto desarrolladas por los propios investigadores como parte de sus esfuerzos para aportar al descubrimiento de nuevos fármacos para el tratamiento de la epilepsia y de enfermedades infecciosas olvidadas.
Se trata, en un principio, de tres aplicaciones informáticas diseñadas en esta unidad de investigación de la UNLP que quedarán disponibles, de manera gratuita, para la comunidad científica del mundo.
El software de código abierto (en inglés, open source software) es aquel cuyo código fuente y otros derechos que normalmente son exclusivos para quienes desarrollan las aplicaciones, son ingresados al dominio público. De este modo, cualquier usuario puede utilizar y redistribuir el software ya sea en su forma original o con modificaciones.
El Doctor Alan Talevi, director del LIDeB, explicó los alcances de la iniciativa: “Nuestro objetivo es que toda la comunidad científica puede beneficiarse de estas herramientas y utilizarlas como punto de partida para introducir mejoras y desarrollar otras aplicaciones. Se trata de una filosofía muy distinta a la del software comercial al que se accede únicamente tras pagar una licencia, y que no se puede modificar y re-utilizar sin infringir derechos de autor”.
“El software de código abierto, en cambio, corresponde a una filosofía de desarrollo tecnológico mancomunado, que se enriquece y se nutre de los aportes de otros colegas. La propuesta -indicó Talevi- está en plena sintonía con la política de la UNLP de generar conocimiento y ponerlo al alcance de la comunidad”.
En esta primera etapa inaugural, LIDeB Tools ofrece un paquete de tres aplicaciones de interés científico desarrolladas íntegramente por investigadores locales. Las flamantes apps que ya están a disposición de colegas de todo el mundo son:
- Heatmaps Similarity: Se trata de una herramienta para análisis visual de diversidad molecular de quimiotecas digitales, que permite apreciar visualmente si un conjunto de moléculas determinado exhibe o no diversidad química;
- iRAPCA: Una novedosa aplicación de clustering (agrupamiento) para muestreo representativo de pequeñas moléculas.
- LUDe (Lideb’s useful decoys): Es una herramienta informática de generación de señuelos, de gran utilidad para validar y comparar modelos computacionales utilizados en la búsqueda de nuevos fármacos mediante cribado in silico.
Dos de estas aplicaciones ya fueron presentadas por el LIDeB en el LatinnXChem, un foro virtual a través del cual la comunidad de químicos latinoamericanos, ubicados en cualquier parte del mundo, puede compartir y discutir sus resultados y avances de investigación https://www.latinxchem.org/ y https://twitter.com/LatinXChem
Desde el LIDeB adelantaron que antes de fin de año se agregarán al menos otras tres aplicaciones web bioinformáticas y quimioinformáticas.
Cabe destacar que el Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos de la UNLP se especializa en el diseño de fármacos asistido por computadora, siendo sus líneas fundamentales la investigación de nuevos fármacos contra la epilepsia y la enfermedad de Chagas.
